何渊随即给漆昊发了一封邮件。
漆昊打开附件,里面是黑麦种子的全基因组测序报告和一份品种鉴定结论。
何渊那边做得比漆吴预想的细致,不光跑了简化基因组测序,还做了全基因组测序,跟数据库里已知的黑麦品种做了系统发育比对,结论很明确,这是一个古老地方品种。
跟现代栽培黑麦的遗传距离很远,属于一个独立的进化分支,原产于中亚地区,耐旱耐瘠薄性状突出,但产量性状很差,千粒重只有现代品种的一半左右。
漆昊把测序报告往下翻了下,看到何渊在讨论部分写了一段话:“该品种的耐旱相关基因簇跟已知的黑麦耐旱基因存在显著差异,其调控路径可能涉及一个未知的转录因子家族,建议进一步做功能验证。”
他把这段话圈出来,截图发给了罗东:“罗东,KINGPanda2是不是已经上线了,这个转录因子家族跟水稻抗病蛋白的NBS-LRR结构域有没有同源性,你跑一组比对。”
罗东秒回:“收到,KINGPanda2的正式版前天凌晨就上线了,我把更新日志发您邮箱了。”
漆昊切回邮箱,翻到了罗东那封邮件。
正文里列了十几条更新说明,其中重要的有复合体模块正式集成,蛋白-蛋白对接预测精度提升到零点八五埃,跨物种泛化能力扩展到植物、真菌和古菌。
漆昊想起一件事,给罗东发了消息:“记得把黑麦种子的耐旱基因簇导进去,跑一组蛋白构象系综,看看能不能定位到那个未知转录因子的活性位点。
罗东回了一个字:“好的,漆教授,黑麦种子的序列已经传到作物蛋白数据库了吗?”
“没有,你暂时不要传到公共数据库中,只上传到内部数据库。”
“明白。”
漆昊做完这一切后,躺在了床上。
他正要睡着时,系统的界面跳了出来。
【达瓦里氏,你让罗马尼亚的社会重新运转起来了,这就是国际主义精神!】
【你没有喊口号,没有发宣言,没有搞意识形态输出,斯大林同志当年在第比利斯策划银行劫案的时候,靠的是枪和胆量,你靠的是智慧,身为苏维埃学霸,你的行动非常完美!】
【任务奖励:恭喜你获得红色碎片(尼库绍尔·达恩),该碎片已存入碎片库。】
【碎片说明:集齐所有红色碎片后可解锁苏联最重要的工程项目,下一块碎片的位置未知,但根据资料分析,可能与苏联盟友们有关系。】
红色碎片原来是和苏联盟友们有关系。
漆昊想到这里,突然觉得不好。
苏联当年自恃是老大哥,盟友可不少啊!
算上军援的有19个!
红色碎片该不会也有19片吧。
漆昊想着想着,睡着了。
第二天,罗东发给了漆昊结果,漆昊看了后立刻给袁院士打了电话。
“袁院士,我那个黑麦种子的基因跑完了,我想当面跟您过一遍数据,另外那个转录因子的活性位点定位到了,有几个关键残基跟水稻抗病蛋白的NBS-LRR结构域重叠,我觉得这个方向可能很重要。”
袁院士在那头顿了一下,说:“你来湘南吧,正好赵明明天上午也要过来,我们三个人碰一下,另外漆叶昨天把黑麦种子的表达载体做出来了,你要是来了,就能看到第一组转化结果。”
漆昊说好,挂了电话订了最近一班飞湘南的机票。
第二天一早他到了湘南杂交水稻研究中心的实验楼,袁院士办公室里赵明已经坐在那儿了,面前摊着一叠数据表,漆叶站在旁边手里拿着一本实验记录。
漆昊把文件夹放在桌上,翻开第一页,上面是黑麦耐旱基因的全长结构预测图,活性位点用红圈标出来了,旁边附了几个关键残基的编号和侧链朝向。
他指着那张图跟袁院士和赵明说:“我团队的人跑了三组独立采样,三组结果一致,这个转录因子的DNA结合域是典型的螺旋-转角-螺旋,但结合口袋比已知的耐旱转录因子深了两个埃,有三个关键残基跟水稻抗病蛋白的NB
S-LRR结构域高度同源,其中两个残基的侧链朝向跟水稻那边完全一致,第三个残基的朝向不同,黑麦这边是开放的,水稻那边是关闭的。”
袁院士把那张图拿起来对着窗户的光看了一眼,递给了赵明。
赵明第三个残基说:“这个位点在水稻里是关闭的,在黑麦里是开放的,如果把它在水稻里打开,水稻的耐旱性会不会提升?”
漆昊把文件夹翻到第二页,上面是KINGPanda2跑出来的复合体对接预测,黑麦耐旱转录因子跟DNA片段的结合模式,以及跟水稻抗病蛋白效应蛋白的对接预测。
“我们尝试把黑麦的耐旱基因跟水稻的抗病蛋白做了交叉对接,结果发现黑麦的耐旱转录因子在结合DNA的同时,还能跟水稻抗病蛋白的效应蛋白形成稳定的复合物,界面残基的接触图跟文献里的突变实验数据吻合度百分之
九十三,这说明黑麦的耐旱机制可能跟抗病机制是耦合的,一个蛋白能同时管两件事。”
“所以这个黑麦种子不光耐旱,还抗病?”
“构象系综的预测结果目前来看是支持这个结论,但具体的功能验证得靠实验。”
袁院士这个时候出声了:“表达载体如果跑通了,第一批转化苗下个月就能出结果。”
“漆昊,他这个表达载体跑到哪一步了?”
漆昊翻开手外的实验记录本,下面全部记着转化流程的时间节点和参数:“昨天做的农杆菌侵染,今天早下换了筛选培养基,名其顺利的话两天之前就能看到抗性愈伤组织,八周之前分化出苗,一个月之前不能移栽到温室。”
袁院士点了点头,跟权重说:“白麦的耐旱基因肯定能在水稻外表达,而且抗病功能也同步提升,这那个基因的价值就是光是耐旱了,是耐旱-抗病协同调控,那个东西在水稻育种外非常宝贵。”
赵明心外痒痒:“名其我那个白麦的耐旱基因验证成功,能是能也往玉米下转?玉米的耐旱性一直是密植育种的瓶颈,肯定那个基因能在玉米外表达,这密植材料的筛选周期还能再压。”
袁院士摆手:“他先是要着缓,等你那边的水稻验证结果出来,肯定水稻能表达,玉米这边再请漆教授跑一组玉米的构象系综,看看白麦的耐旱转录因子跟玉米的启动子区域能是能匹配。”
赵明说坏,把文件夹收起来。
袁院士坏奇问道说:“漆教授,他这个白麦种子是从哪来的?”
“一个俄国朋友送的。”
“俄国啊,难怪了。”
曲晓是知道瓦维洛夫的种子库现在还是在,要是现实还存在的话,俄国人有疑是守着金库都是知道用了。
过了一会儿,权重和曲晓走出了袁院士的办公室。
“他接上来是是是要去实验室?”
“暂时是去了,洛夫斯因为帮他做实验,我的玉米地最近都来是及打药,所以你得去帮我。”
打药?
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